L'islam est très présent en Malaisie, il représente près de 60 % de la population. Les mosquées dominent l'horizon dans toutes les régions du pays, et l'appel à la prière résonne cinq fois par jour.
Les sultans de Malaisie ou "gardiens de l'islam ", sont les chefs de cérémonie dans neuf des treize États. Historiquement, de toutes les grandes religions de Malaisie, l'islam est la plus jeune suite à son introduction par les commerçants indiens au XIIe siècle. Le roi hindou Mudzaffar Shah I a renoncé à l'hindouisme et a adopté l'islam sunnite. L'Islam est ensuite entré dans un âge d'or sous le sultanat de Malacca au 15ème siècle et continue d’être la principale religion du pays.
La deuxième religion de Malaisie remonte à plus de 2000 ans, représentant environ 20% de la population malaisienne actuelle. Les Chinois malaisiens forment la majorité pratiquant le bouddhisme Mahayana. Les commerçants indiens du IIIe siècle av. J.-C. sont largement réputés pour avoir apporté le bouddhisme en Malaisie.
La religion est présente en Malaisie depuis 1500 ans et a prospéré sous l'empire Sri Vijaya.
Les temples les plus importants sont Thean Hou de Kuala Lumpur, Kek Lok Si de Penang et Sam Poh Tong de Perak.
Le christianisme est arrivé en Malaisie au 7ème siècle par des commerçants arabes, perses et turcs. Plus tard, les Portugais introduisirent le catholicisme en 1511, tandis que les Hollandais introduisirent le protestantisme à la fin du 17ème siècle. Les missionnaires britanniques répandirent le christianisme au Sabah et au Sarawak 200 ans plus tard. Un total de 24% des Sarawakiens s'identifient comme chrétiens, ce qui en fait le seul État chrétien de Malaisie.
L'anglican, le méthodiste et le catholicisme romain constituent les principales confessions en Malaisie. St Paul's, une ancienne église catholique portugaise, et l'église protestante néerlandaise anglicane du Christ à Melaka sont les meilleurs exemples de l'architecture chrétienne en Malaisie.
D'un point de vue historique, les Indiens ont joué un rôle important dans la religion en Malaisie. Les premiers commerçants indiens ont introduit l'hindouisme et le bouddhisme en Malaisie il y a plus de deux millénaires et l'islam environ 1400 ans plus tard. L'hindouisme et le bouddhisme ont atteint leur apogée au 13ème siècle. Le nombre d'hindous a de nouveau augmenté pendant l'ère coloniale britannique, il y a environ 200 ans.
Les Tamouls migrants se sont installés en Malaisie pour travailler dans des plantations d'hévéas, entre autres professions. Aujourd'hui, l'hindouisme est la quatrième religion en Malaisie, avec les plus grandes communautés du Negeri Sembilan et du Selangor. Une minorité de sikhs indiens vivent également en Malaisie.
Avant l'arrivée de la religion dominante en Malaisie, les tribus indigènes du Sabah et du Sarawak pratiquaient souvent le paganisme et l'animisme. Les premiers polythéistes voyaient le mont Kinabalu comme le lieu de repos sacré de leurs ancêtres. Les superstitions profondes, les rituels et les sacrifices de poulets étaient autrefois répandus dans de nombreuses communautés indigènes pour apaiser les esprits. Malheureusement, cela s'est pratiquement éteint en Malaisie, les missionnaires britanniques ayant converti les villages animistes au christianisme.